Fakturą zaliczkową jest szczególny rodzaj faktury, który sporządza się w przypadku dokonania przedpłaty, zadatku, zaliczki lub raty, po uiszczeniu należności za powyższe. Faktury takiej nie można wystawiać później jak do siódmego dnia od dokonania częściowej wpłaty. Za każdą kolejną częścią wpłaty, do siedmiu dni po, musi iść także faktura poświadczająca transakcję, nawet jeżeli towar nie był oddany (lub usługa wyświadczona).

Niniejszy rodzaj faktury powinien składać się z:

• Numery NIP dwóch stron,
• Jeśli sporządzone były wcześniejsze faktury zaliczkowe, trzeba wyszczególnić ich daty i numery a także zsumowaną kwotę wszystkich wcześniejszych zaliczek częściowych, wyrażonych brutto,
• Wielkości należnego podatku i jej kwoty (podanej w złotówkach),
• Czas wystawienia i numer faktury,
• Informacji o nabywcy i sprzedającym (adresy siedziby firm, nazwy firm, imiona, nazwiska),
• Oznaczenia typu faktury (na przykład faktura VAT-MP),
• Wielkość sumy fragmentu lub całej należności brutto,
• Informacje odnoszące się do zakupionego towaru lub usługi (nazwa, ilość, wartość, podatek, kwota),
• Dzień, miesiąc, rok odebrania fragmentu lub całości należności, o ile nie pokrywa się ona z czasem wystawienia faktury.

Jeżeli zdarzy się taki przypadek, że faktury zaliczkowe nie będą obejmować całej kwoty brutto, wtem sprzedawca wystawia fakturę w oparciu o zasady ogólne, po wydaniu asortymentu albo wyświadczeniu usługi. Koszt asortymentu albo świadczenia pomniejsza się mimo to o dotychczasowe wpłaty fragmentarycznych należności, tak jak i wysokość naliczonego podatku musi być pomniejszona o uprzednio policzony, częściowy podatek z faktur zaliczkowych. Rachunek taki powinien zawierać też numery poprzednich faktur zaliczkowych.

Jeżeli natomiast okaże się, że faktury zaliczkowe obejmowały całą kwotę brutto, sprzedawca nie sporządza faktury po wydaniu asortymentu albo wykonaniu usługi.